Йылдырым Е.А., Лаптев Г.Ю., Тюрина Д.Г., Филиппова В.А., Ильина Л.А., Новикова Н.И., Соколова К.А., Пономарева Е.С., Заикин В.А., Ключникова И.А., Большаков В.Н., Корочкина Е.А., Романов М.Н.
Животноводство и кормопроизводство. 2025. Т. 108. № 3. С. 21-35.
Научная статья
УДК 636/082.4
doi:10.33284/2658-3135-108-3-21
Сравнение микробиома эндометрия коров в условиях экофермы
в ранний и поздний сухостойный период
Елена Александровна Йылдырым1,2, Георгий Юрьевич Лаптев3, Дарья Георгиевна Тюрина4, Валентина Анатольевна Филиппова5,6, Лариса Александровна Ильина7,8,
Наталия Ивановна Новикова9, Ксения Андреевна Соколова10,11,
Екатерина Сергеевна Пономарева12, Василий Александрович Заикин13,
Ирина Анатольевна Ключникова14, Владислав Николаевич Большаков15,
Елена Александровна Корочкина16, Михаил Николаевич Романов17,18,19,20
1,3,4,5,7,9,10,12,13,15Лаборатория молекулярной генетики и микробиомики, ООО «БИОТРОФ+», Пушкин, Санкт-Петербург, Россия
2,6,8,11,14,17Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, Пушкин, Санкт-Петербург, Россия
16Санкт-Петербургский государственный университет ветеринарной медицины, Санкт-Петербург, Россия
18Школа естественных наук, Университет Кента, Кентербери, Кент, Великобритания
19Исследовательский центр геномики животных и биоресурсов (исследовательский центр AGB), Факультет естественных наук, Университет Касетсарт, Чатучак, Бангкок, Таиланд
20Федеральный научно-исследовательский центр животноводства им. Л.К. Эрнста, Дубровицы, Подольск, Московская область, Россия
1,2deniz@biotrof.ru, https://orcid.org/0000-0002-5846-4844
3georg-laptev@rambler.ru, https://orcid.org/0000-0002-8795-6659
4tiurina2@biotrof.ru, https://orcid.org/0000-0001-9001-2432
5,6filippova@biotrof.ru, https://orcid.org/0000-0001-8789-9837
7,8ilina@biotrof.ru, https://orcid.org/0000-0003-2789-4844
9natalia-iv-nov@rambler.ru, https://orcid.org/0000-0002-9647-4184
10,11kalitkina.xeniya@gmail.com, https://orcid.org/0000-0002-9541-6839
12kate@biotrof.ru, https://orcid.org/0000-0002-4336-8273
13dfcx@biotrof.ru, https://orcid.org/0009-0006-8029-9955
14klyuchnikova.irinaa@yandex.ru, https://orcid.org/0009-0008-6484-1235
15bvn@biotrof.ru, https://orcid.org/0000-0001-9764-327X
16e.kora@mail.ru, https://orcid.org/0000-0002-7011-4594
17,18,19,20m.romanov@kent.ac.uk, https://orcid.org/0000-0003-3584-4644
Аннотация. Система содержания и кормления коров в условиях экоферм приближена к естественной среде обитания, что обеспечивает низкий уровень заболеваемости послеродовыми эндометритами. Однако в поздний сухостойный период по сравнению с ранним риск нарушения микробиома матки и заболеваемости увеличивается. Цель исследования – методом таргетного NGS-секвенирования определить различия в структуре и функциях микробиома матки клинически здоровых коров айширской породы (n=3) в начале и конце сухостойного периода в условиях экофермы Валаамского монастыря. При проведении NGS-секвенирования микробиома эндометрия в период раннего сухостоя было обнаружено 9 суперфилумов и филумов микроорганизмов, а в период позднего – значительно меньше. Микробиом эндометрия коров в условиях экофермы содержал значительное количество представителей семейства Moraxellaceae (8,7±0,54 – в период раннего сухостоя и 26,1±2,26 % – позднего). Содержание Lactobacillaceae в ранний сухостойный период у коров составляло 6,0±0,39 %. В период позднего сухостоя количество данных бактерий падало в 12,9 раза по сравнению с ранним. Биоинформатический анализ позволил выявить и аннотировать 392 потенциальных метаболических пути микробиоты эндометрия. При сравнении раннего и позднего сухостойного периода у коров было обнаружено статистически значимое изменение функциональной активности 28 из этих путей. В условиях экофермы в репродуктивном тракте коров выявлен разнообразный и многочисленный таксономический состав микробиоты, в частности, повышенное содержание лактобактерий по сравнению с результатами, полученными при исследовании животных на индустриальных фермах.
Ключевые слова: коровы, айширская порода, органическая ферма, микробиом, эндометрий, NGS-секвенирование, биоинформатика, прогнозируемые метаболические пути
Благодарности: работа выполнена при поддержке Российского научного фонда, проект № 24-16-00131.
Для цитирования: Сравнение микробиома эндометрия коров в условиях экофермы в ранний и поздний сухостойный период / Е.А. Йылдырым, Г.Ю. Лаптев, Д.Г. Тюрина, В.А. Филиппова, Л.А. Ильина, Н.И. Новикова, К.А. Соколова, Е.С. Пономарева, В.А. Заикин, И.А. Ключникова, В.Н. Большаков, Е.А. Корочкина, М.Н. Романов // Животноводство и кормопроизводство. 2025. Т. 108. № 3. С. 21-35. [Yildirim EA, Laptev GYu, Tiurina DG, Filippova VA, Ilina LA, Novikova NI, Sokolova KA, Ponomareva ES, Zaikin VA, Klyuchnikova IA, Bolshakov VN, Korochkina EA, Romanov MN. Comparison of the endometrial microbiome of cows under eco-farm conditions in the early and late dry periods. Animal Husbandry and Fodder Production. 2025;108(3):21-35. (In Russ.)]. https://doi.org/10.33284/2658-3135-108-3-21
Информация об авторах:
Елена Александровна Йылдырым, доктор биологических наук, биотехнолог лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д. 19; профессор кафедры крупного животноводства, Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 196601, г. Санкт-Петербург, г. Пушкин, Петербургское шоссе 2с2, тел.: 89213107092.
Георгий Юрьевич Лаптев, доктор биологических наук, генеральный директор, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д. 19; профессор кафедры крупного животноводства, 196601, Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, г. Санкт-Петербург, г. Пушкин, Петербургское шоссе 2с2, тел.: 88123228550.
Дарья Георгиевна Тюрина, кандидат экономических наук, старший биотехнолог лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д.19, тел.: 89217521966.
Валентина Анатольевна Филиппова, старший биотехнолог лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д.19, 192284; заведующая лабораторией кафедры крупного животноводства, Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 196601, г. Санкт-Петербург, г. Пушкин, Петербургское шоссе 2с2, тел.: 89052206508.
Лариса Александровна Ильина, начальник лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д. 19; профессор кафедры крупного животноводства, Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 196601, г. Санкт-Петербург, г. Пушкин, Петербургское шоссе 2с2, тел.: 89112065723.
Наталия Ивановна Новикова, кандидат биологических наук, заместитель генерального директора, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д. 19, тел.: 88123228550.
Ксения Андреевна Соколова, биотехнолог лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д. 19; ассистент кафедры крупного животноводства, Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 196601, г. Санкт-Петербург, г. Пушкин, Петербургское шоссе 2с2, тел.: 89886273385.
Екатерина Сергеевна Пономарева, биотехнолог лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д.19, тел.: 89602414131.
Василий Александрович Заикин, биотехнолог лаборатории молекулярной генетики и микробиомики, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д.19, тел.: 89819764177.
Ирина Анатольевна Ключникова, аспирант кафедры крупного животноводства, Санкт-Петербургский государственный аграрный университет, 196601, г. Санкт-Петербург, г. Пушкин, Петербургское шоссе 2с2, тел.: 89006523489.
Владислав Николаевич Большаков, кандидат сельскохозяйственных наук, старший менеджер отдела продаж, Общество с ограниченной ответственностью «БИОТРОФ+», 192284, г. Санкт-Петербург, Загребский б-р, д. 19, тел.: 88121720352.
Елена Александровна Корочкина, доктор ветеринарных наук, доцент кафедры акушерства и оперативной хирургии, Санкт-Петербургский государственный университет ветеринарной медицины», 196084, г. Санкт-Петербург, Черниговская ул., 5, тел.: 88123882235.
Михаил Николаевич Романов, кандидат биологических наук, 142132, Московская область, городской округ Подольск, п. Дубровицы, д. 60.
Статья поступила в редакцию 05.06.2025; одобрена после рецензирования 25.06.2025; принята к публикации 15.09.2025.
Загрузить