Денискова Т.Е., Абдельманова А.С., Кошкина О.А., Доцев А.В., Зиновьева Н.А.

Животноводство и кормопроизводство. 2026. Т. 109. № 3. С. 95-112.

Научная статья

УДК 636.39:636.082

doi: 10.33284/2658-3135-109-3-95

 

Исследование геномных особенностей коз горноалтайской пуховой и советской

шерстной пород на основе дифференцирующих SNP

Татьяна Евгеньевна Денискова1, Александра Сергеевна Абдельманова2,

Ольга Андреевна Кошкина3, Арсен Владимирович Доцев4, Наталия Анатольевна Зиновьева5

1,2,3,4,5Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика Л.К. Эрнста, Дубровицы, Россия

1horarka@yandex.ru, https://orcid.org/0000-0002-5809-1262

2abdelmanova@vij.ru, https://orcid.org/0000-0003-4752-0727

3olechka1808@list.ru, https://orcid.org/0000-0003-4830-6626

4asnd@mail.ru, https://orcid.org/0000-0003-3418-2511

5n_zinovieva@mail.ru, https://orcid.org/0000-0003-4017-6863

Аннотация. Исследование посвящено поиску наиболее отличающихся однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs) у коз горноалтайской пуховой и советской шерстной пород. C этой целью было проведено секвенирование полных геномов со средней глубиной покрытия 20X. Сравнительный анализ геномов двух пород коз проведен в два этапа. На первом этапе с использованием скользящего окна FST выявили регионы с максимальным средним значением FST в каждом окне. Далее внутри регионов отобраны SNP с максимальными значениями FST. Проведен расчет частот аллелей и генотипов в выявленных локусах для каждой породы. Идентифицированы фиксированные SNP: 2 (6_13558772 и 19_2003492) – у горноалтайской пуховой породы и 21_55792542 – у советской шерстной породы. В результате сравнительного анализа были выявлены как известные кандидаты, так и гены, чьи функции слабо изучены или не описаны ранее у коз (AP1AR, FICD, TRPC4AP). Среди кандидатов были выявлены гены, связанные с молочной продуктивностью и липидным метаболизмом (ACSS2, TOM1L2), иммунитетом (ALPK1, TIFA, CCDC88C), репродуктивными функциями (ALKBH5, MAD1L1, DRC3), ростом и развитием (MYH7B), устойчивостью к стрессу (ATPAF2). Кроме того, были выявлены 14 однонуклеотидных полиморфизмов, наиболее сильно различающихся между изучаемыми породами коз. Наши результаты положили начало к дальнейшему изучению генетических механизмов, лежащих в основе адаптации и экономически важных признаков у пород коз, разводимых в России.

Ключевые слова: домашние козы, SNP, полные геномы, гены-кандидаты, следы селекции, генотипы

Благодарности: работа выполнена при поддержке Российского научного фонда, проект   № 24-46-02012.

Для цитирования: Исследование геномных особенностей коз горноалтайской пуховой и советской шерстной пород на основе дифференцирующих SNP / Т.Е. Денискова, А.С. Абдельманова,  О.А.  Кошкина, А.В. Доцев, Н.А. Зиновьева // Животноводство и кормопроизводство. 2026. Т. 109. № 3. С. 95-112. [Deniskova TE, Abdelmanova AS, Koshkina OA, Dotsev AV, Zinovieva NA. A study of the genomic characteristics of goats of the Altai Mountain and Soviet Mohair breeds based on differentiating SNPs. Animal Husbandry and Fodder Production. 2026;109(3):95-112. (In Russ.)]. https://doi.org/10.33284/2658-3135-109-3-95

Список источников

  1. Биологические и некоторые продуктивные особенности горноалтайских пуховых коз / Т.Б. Каргачакова, А.И. Чикалев, Ю.А. Юлдашбаев, В.А. Демин // Овцы, козы, шерстяное дело. № 3. С. 21-24. [Kargachakova TB, Chikalev AI, Yuldashbaev YuA, Demin VA. Biological and some economic features of Mountain Altai downy goats. Sheep, goats, wool business. 2024;3:21-24. (In Russ.)]. doi: 10.26897/2074-0840-2024-3-21-24
  2. Генетическое разнообразие и филогения пуховых коз Центральной и Средней Азии / С.В. Бекетов, А.К. Пискунов, В.Н. Воронкова, С.Н. Петров, В. Р. Харзинова, А.В. Доцев, Н.А. Зиновьева, М.И. Селионова, Ю.А. Столповский // Генетика. 2021. Т. 57. № 7. С. 810-819. [Beketov SV, Piskunov AK, Voronkova VN, Petrov SN, Kharzinova VR, Dotsev AV, Zinovieva NA, Selionova MI, Stolpovsky YuA. Genetic diversity and philogeny of fleece-bearing goats of Central and Middle Asia. Russian Journal of Genetics. 2021;57(7):810-819. (In Russ.)]. doi: 10.31857/S0016675821070031
  3. Денискова Т.Е., Абдельманова А.С. Идентификация следов селекции в романовской породе овец  на  основании  анализа  гаплотипов  // Животноводство и кормопроизводство. Т. 109. № 1. С. 99-111. [Deniskova TE, Abdelmanova AS. Identification of selective sweeps in the Romanov sheep breed based on haplotype analysis. Animal Husbandry and Fodder Production. 2026;109(1):99-111. (In Russ.)]. doi: 10.33284/2658-3135-109-1-99
  4. Монгуш Б.М., Ондар Г.К. Оценка экстерьера и сезонной динамики живой массы коз советской шерстной породы, разводимых в условиях УНПЦ «Животновод» ТувГУ // Тувинский государственный университет: 30 лет на пути к устойчивому развитию региона через науку, образование и культуру: материалы междунар. науч.-практ. конф., (г. Кызыл, 30 окт. 2025 г.). Кызыл: Изд-во ТувГУ. 2025. 251-255. [Mongush BM, Ondar GK. Ocenka ehkster'era i sezonnoj dinamiki zhivoj massy koz sovetskoj sherstnoj porody, razvodimyh v usloviyah UNPC «Zhivotnovod» TuvGU (Conference proceedings) Tuvinskij gosudarstvennyj universitet: 30 let na puti k ustojchivomu razvitiyu regiona cherez nauku,  obrazovanie  i  kul'turu:  materialy  mezhdunar. nauch.-prakt. konf., (g. Kyzyl, 30 okt. 2025 g.). Kyzyl: Izd-vo TuvGU; 2025:251-255. (In Russ.)].
  5. Новопашина С.И., Санников М.Ю. Сохранение придонской пуховой породы коз // Сборник научных трудов Ставропольского научно-исследовательского института животноводства и кормопроизводства. Т. 1. № 1-1. С. 121-123. [Novopashina SI, Sannikov MYu. Sokhranenie pridonskoy pukhovoy porody koz. Sbornik nauchnykh trudov Stavropol'skogo nauchno-issledovatel'skogo instituta zhivotnovodstva i kormoproizvodstva. 2007;1(1-1):121-123. (In Russ.)].
  6. Ногаев А.А., Серекпаев Н.А. Козоводство – состояние и перспективы развития в Республике Казахстан и Акмолинской области // Вестник науки Казахского агротехнического университета им. С. Сейфуллина. 2022. № 2-2 (113). С. 22-35. [Nogayev AA, Serekpayev NA. Goat breeding – the state and prospects of development in the Republic of Kazakhstan and the Akmola region. Herald of  Science  of    Seifullin  Kazakh  Agrotechnical  University. 2022;2-2(113):22-35. (In Russ.)]. doi: 10.51452/kazatu.2022.2(113).1066
  7. Петров С.Н., Денискова Т.Е., Доцев А.В. Генетическая характеристика представителей рода  Capra  с  использованием  STR-маркеров  // Достижения науки и техники АПК. 2023. Т. 37. № 9. С. 74-79. [Petrov SN, Deniskova TE, Dotsev AV. The use of STR markers for the genetic assessment of representatives of the genus Capra. Achievements of Science and Technology in Agro-Industrial Complex. 2023;37(9):74-79. (In Russ.)]. doi: 10.53859/02352451_2023_37_9_74
  8. Поиск следов селекции в геномах домашних коз (Capra hircus L.), разводимых в России, с  помощью  идентификации островков гомозиготности / Т.Е. Денискова, А.В. Доцев, М.И. Селионова, А.-М.М. Айбазов, Н.А. Зиновьева // Сельскохозяйственная биология. Т. 59. № 4. С. 620-632. [Deniskova TE, Dotsev AV, Selionova MI, Aibazov A-MM, Zinovieva NA. Search for signatures of selection in the genomes of domestic goats (Capra hircus L.) raised in Russia using detection of ROH islands. Sel'skokhozyaistvennaya Biologiya [Agricultural Biology]. 2024;59(4):620-632. (In Russ.)]. doi: 10.15389/agrobiology.2024.4.620rus  doi: 10.15389/agrobiology.2024.4.620eng
  9. Полиморфизмы в гене прионового белка (PRNP) у некоторых популяций коз России / С.Н. Петров, Т.Е. Денискова, Н.Ф. Бакоев, О.А. Кошкина // Достижения науки и техники АПК. 2025. Т. 39. № 3. С. 61-66. [Petrov SN, Deniskova TE, Bakoev NF, Koshkina OA. Polymorphisms in the prion protein gene (PRNP) in some goat populations of Russia. Achievements of Science and Technology in Agro-Industrial Complex. 2025;39(3):61-66. (In Russ.)]. doi: 10.53859/02352451_2025_39_3_61
  10. Пуховая продуктивность и генотипические особенности по полиморфизму гена BLG и  группам  крови коз Горного Алтая / Г.М. Гончаренко, Т.Б. Каргачакова, Н.Б. Гришина, Т.С. Хорошилова, О.Л. Халина // Вестник университета биотехнологий. № 3. С. 94-101. [Goncharenko GM, Kargachakova TB, Grishina NB, Khoroshilova TS, Khalina OL. Down productivity and genotypic characteristics of BLG gene polymorphism and blood groups of goats in Gorny Altai. Vestnik University of Biotechnology. 2020;3:94-101. (In Russ.)]. doi: 10.31677/2072-6724-2020-56-3-94-101
  11. Результаты изучения роста и развития коз горноалтайской пуховой породы, разводимых в условиях северо-востока Казахстана / К.Х. Шайкенова, Т. Ш. Асанбаев, М.К. Сәденова, Д.К. Ибраев, Л.М. Назарова, М.Е. Айсар // Вестник науки Казахского агротехнического исследовательского университета им. С. Сейфуллина: междисциплинарный. 2025. № 2(125). С. 75-83. [Shaikenova KH, Assanbayev TSh, Sadenova MK, Ibrayev DK, Nazarova LM, Aisar ME. Results of the study of growth and development of Mountain Altai downy breed goats bred in the north-east of Kazakhstan. Herald of science of S.Seifullin Kazakh agrotechnical university: Multidisciplinary. 2025;(2):75-83. (In Russ.)]. doi: 10.51452/kazatu.2025.2(125).1884
  12. Самбу-Хоо Ч.С., Макарова Е.Ю. Повышение шерстной продуктивности коз советской шерстной породы тувинской популяции // Вестник КрасГАУ. № 7(172). С. 108-113. [Sambu-Hoo ChS, Makarova EYu. Tuvinian population soviet woolly breed goats' woolly productivity increase. Bulletin of KSAU. 2021;7(172):108-113. (In Russ.)]. doi: 10.36718/1819-4036-2021-7-108-113
  13. Сандак-Хуурак О.О., Сат Ч.М. Шерстная продуктивность помесных коз советской шерстной породы с грубой и полугрубой шерстью в Республике Тува // Овцы, козы, шерстяное дело. 2020. № 1. С. 27-28. [Sandak-Huurak OO, Sat ChM. Sherstnaya produktivnost' pomesnyh koz sovetskoj sherstnoj porody s gruboj i polugruboj sherst'yu v Respublike Tuva. Sheep, Goats, Wool Business. 2020;1:27-28. (In Russ.)].
  14. An HJ, Cho SH, Ryu CS, Ko EJ, Park HW, Kim YR, et al. Genetic associations of miRNA variants (miR-10a, miR-30c, miR-181a, miR-499b) with primary ovarian insufficiency in Korean women. Maturitas. 2025;191:108153. doi: 10.1016/j.maturitas.2024.108153
  15. Boon H, Sjögren RJO, Massart J, Egan B, Kostovski E, Iversen PO, et al. MicroRNA-208b progressively declines after spinal cord injury in humans and is inversely related to myostatin expression. Physiol Rep. 2015;3(11):e12622. doi:10.14814/phy2.12622
  16. Danecek P, Bonfield JK, Liddle J, Marshall J, Ohan V, Pollard MO, et al. Twelve years of SAMtools and BCFtools. GigaScience. 2021;10(2):giab008. doi: 10.1093/gigascience/giab008
  17. Dang D, Zhang L, Gao L, Peng L, Chen J, Yang L. Analysis of genomic copy number variations through whole-genome scan in Yunling cattle. Front Vet Sci. 2024;11:1413504. doi: 3389/fvets.2024.1413504
  18. Deniskova TE, Dotsev AV., Selionova MI, Reyer H, Sölkner J, Fornara MS, et al. SNP-based genotyping provides insight into the West Asian origin of Russian local goats. Frontiers in Genetics. 2021;12:708740. doi: 10.3389/fgene.2021.708740
  19. DiTommaso T, Jones LK, Cottle DL, WTSI Mouse Genetics Program, Gerdin AK, Vancollie VE, Watt FM, et al. Identification of  genes important for cutaneous function revealed by  a  large  scale  reverse  genetic  screen  in  the    PLoS Genet. 2014;10(10):e1004705. doi: 10.1371/journal.pgen.1004705
  20. Fang L, Cai W, Liu S, Canela-Xandri O, Gao Y, Jiang J, et al. Comprehensive analyses of 723 transcriptomes enhance genetic and biological interpretations for complex traits in cattle. Genome Res. 2020;30(5):790-801. doi: 10.1101/gr.250704.119
  21. Freebern E, Santos DJA, Fang L, Jiang J, Parker Gaddis KL, Liu GE, et al. GWAS and fine-mapping of  livability  and  six  disease  traits  in  Holstein  BMC Genomics. 2020;21(1):41. doi: 10.1186/s12864-020-6461-z
  22. Gao J, Sun L, Liao R, Lyu Y, Zhang S, Xu J, et al. Genomic dissection of Chinese Yangtze River  Delta  white  goat  based  on  whole  genome sequencing. Animals (Basel). 2025;15(7):979. doi: 10.3390/ani15070979
  23. Girirajan S, Hauck PM, Williams S, Vlangos CN, Szomju BB, Solaymani-Kohal S, et al. Tom1l2 hypomorphic mice exhibit increased incidence of infections and tumors and abnormal immunologic response. Mamm Genome. 2008;19(4):246-262. doi: 10.1007/s00335-008-9100-6
  24. Gulen B, Blevins A, Kinch LN, Servage KA, Stewart NM, Gray HF, et al. FicD sensitizes cellular response to glucose fluctuations in mouse embryonic fibroblasts. Proc Natl Acad Sci USA. 2024;121(38):e2400781121. doi: 10.1073/pnas.2400781121
  25. Gwilliam K, Sperber M, Perry K, Rose KP, Ginsberg L, Paladugu N, et al. A cell type-specific approach to elucidate the role of miR-96 in inner ear hair cells. Front Audiol Otol. 2024;2:1400576. doi: 10.3389/fauot.2024.1400576
  26. Hu Y, Han Z, Guo H, Zhang N, Shen N, Jiang Y, et al. Identification of a novel germline PPP4R3A missense mutation Asp409Asn on familial non-medullary thyroid carcinoma. Biomedicines. 2024;12(1):244. doi: 10.3390/biomedicines12010244
  27. Jaton C, Schenkel FS, Sargolzaei M, Cánova A, Malchiodi F, Price CA, et al. Genome-wide association study and in silico functional analysis of the number of embryos produced by Holstein donors. J Dairy Sci. 2018;101(8):7248-7257. doi: 10.3168/jds.2017-13848
  28. Jiang J, Cole JB, Freebern E, Da Y, VanRaden PM, Ma L. Functional annotation and Bayesian fine-mapping reveals candidate genes for important agronomic traits in Holstein bulls. Commun Biol. 2019;2(1):212. doi: 1038/s42003-019-0454-y
  29. Ke J, Chen C, Fei J, Luo K, Cheng Y, Yu H, et al. Genome-wide analysis of genetic loci and candidate genes related to teat number traits in Dongliao black pigs. Front Genet. 2025;16:1593395. doi: 10.3389/fgene.2025.1593395
  30. Kennedy JM, Fodil N, Torre S, Bongfen SE, Olivier J-F, Leung V, et al. CCDC88B is a novel regulator of maturation and effector functions of T cells during pathological inflammation. J Exp Med. 2014;211(13):2519-2535. doi: 10.1084/jem.20140455
  31. Li S, Ni H, Wang Y, Wu X, Bi J, Ou H, et al. Gain of bipolar disorder-related lncRNA AP1AR-DT in mice induces depressive and anxiety-like behaviors by reducing Negr1-mediated excitatory synaptic transmission. BMC Med. 2024;22(1):543. doi: 10.1186/s12916-024-03725-0
  32. Liu CL, Mou HL, Na RS, Wang X, Hu PF, Ceccobelli S, et al. Multiomic meta-analysis suggests a correlation between steroid hormone-related genes and litter size in goats. Anim Genet. 2024;55(5):779-787. doi: 1111/age.13464
  33. Liu Z, Cai Y, Deng M, Li D, Leng Q, Shi L, et al. Expression pattern of alkB homolog 5 in goat  testis  and  its  role  in  spermatogonial  stem    Cell  Tissue  Res.   2022;387(1):131-142. doi: 10.1007/s00441-021-03550-4
  34. Ma X, Zhang Q, La Y, Fu D, Jiang H, Bao P, et al. Differential abundance of brain mitochondrial proteins in yak and cattle: a proteomics-based study. Front Vet Sci. 2021;8:663031. doi: 10.3389/fvets.2021.663031
  35. Matsumura T, Semba K, Azuma S, Ikawa S, Gohda J, Akiyama T, Inoue J. TIFAB inhibits TIFA, TRAF-interacting protein with a forkhead-associated domain. Biochem Biophys Res Commun. 2004;317(1):230-23 doi: 10.1016/j.bbrc.2004.03.030
  36. Mu T, Hu H, Ma Y, Feng X, Zhang J, Gu Y. Regulation of key genes for milk fat synthesis in ruminants. Front Nutr. 2021;8:765147. doi: 3389/fnut.2021.765147
  37. Muroya S, Otomaru K, Oshima K, Oshima I, Ojima K, Gotoh T. DNA methylation of genes participating in hepatic metabolisms and function in fetal calf liver is altered by maternal undernutrition during gestation. Int J Mol Sci. 2023;24(13):10682. doi: 10.3390/ijms241310682
  38. Park BS, Im HL, Yoon NA, Tu TH, Park JW, Kim JG, et al. Developmentally regulated GTP-binding protein-2 regulates adipocyte differentiation. Biochem Biophys Res Commun. 2021;578:1-6. doi: 10.1016/j.bbrc.2021.08.081
  39. Qin J, Wang J, Chen J, Xu J, Liu S, Deng D, Li F. Homozygous variant in DRC3 (LRRC48) gene  causes  asthenozoospermia  and  male  J Hum Genet. 2024;69(8):401-409. doi: 10.1038/s10038-024-01253-6
  40. Sallam AM, Reyer H, Wimmers K, Bertolini F, Aboul-Naga A, Braz CU, Rabee AE. Genome-wide landscape of runs of homozygosity and differentiation across Egyptian goat breeds. BMC Genomics. 2023;24(1):573. doi: 1186/s12864-023-09679-6
  41. Shinde H, McLeod KR, Lehmkuhler JW. Identification of metabolic pathways and hub genes associated with ultrasound subcutaneous fat and muscle depth of the longissimus muscle in cull beef cows using gene co-expression analysis. Animals (Basel). 2025;15(17):2636. doi: 3390/ani15172636
  42. Suchocki T, Czech B, Dunislawska A, Slawinska A, Derebecka N, Wesoly J, et al. SNP prioritization in targeted sequencing data associated with humoral immune responses in chicken. Poult Sci. 2021;100(11):101433. doi: 10.1016/j.psj.2021.101433
  43. Sun L, Yuan C, Guo T, Bai Y, Lu Z, Liu J. The accumulation of harmful genes within the ROH hotspot regions of the Tibetan sheep genome does not lead to genetic load. BMC Genomics. 2025;26(1):60. doi: 1186/s12864-025-11207-7
  44. Vasimuddin M, Misra S, Li H, Aluru S. Efficient architectureaware acceleration of BWA-MEM for multicore systems. 2019 IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS), Rio de Janeiro, Brazil, 20-24 May 2019 . IEEE;2019:314- doi: 10.1109/IPDPS.2019.00041
  45. Wei J, Lian H, Guo W, Chen YD, Zhang XN, Zang R, et al. SNX8 modulates innate immune response to DNA virus by mediating trafficking and activation of MITA. PLoS Pathog. 2018;14(10):e1007336. doi: 10.1371/journal.ppat.1007336
  46. Xiong J, Bao J, Hu W, Shang M, Zhang L. Whole-genome resequencing reveals genetic diversity  and  selection  characteristics of dairy goat. Front Genet. 2023;13:1044017. doi: 10.3389/fgene.2022.1044017
  47. Yang P, Shang M, Bao J, Liu T, Xiong J, Huang J, et al. Whole-genome resequencing revealed selective signatures for growth traits in Hu and Gangba sheep. Genes. 2024;15(5):551. doi: 10.3390/genes15050551
  48. Zhang F, Luo J, Shi C, Zhu L, He Q, Tian H, et al. Genome-wide analysis of the acyl-coenzyme A synthetase family and their association with the formation of goat milk flavour. Front Genet. 2022;13:980463. doi: 10.3389/fgene.2022.980463
  49. Zhao Y, Zhang X, Li F, Tian H, Zhang D, Li X, et al. The changes in genetic parameters and genomic selection of lambing rate in Hu sheep following marker-assisted selection. J Anim Breed Genet. 2026;143(3):465-478. doi: 1111/jbg.70036
  50. Zhou Z, Zhang K, Liu Z, Gao X, Huang K, Chen C, et al. ATPAF1 deficiency impairs ATP synthase assembly and mitochondrial respiration. Mitochondrion. 2021;60:129-141. doi: 10.1016/j.mito.2021.08.005
  51. Zimmermann S, Pfannkuch L, Al-Zeer MA, Bartfeld S, Koch M, Liu J, et al. ALPK1- and TIFA-dependent innate immune response triggered by the Helicobacter pylori type IV secretion system. Cell Rep. 2017;20(10):2384-2395. doi: 10.1016/j.celrep.2017.08.039

Информация об авторах:                                    

Татьяна Евгеньевна Денискова, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующая лаборатории молекулярной генетики сельскохозяйственных животных, Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика  Л.К.  Эрнста,  142132, Московская область, городской округ Подольск, п. Дубровицы, д. 60.

Александра Сергеевна Абдельманова, доктор биологический наук, старший научный сотрудник лаборатории генетического мониторинга ресурсов сельскохозяйственных животных, Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика  Л.К.  Эрнста,  142132, Московская область, городской округ Подольск, п. Дубровицы, д. 60.

Ольга Андреевна Кошкина, кандидат биологических наук, научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики сельскохозяйственных животных, Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика  Л.К.  Эрнста,  142132, Московская область, городской округ Подольск, п. Дубровицы, д. 60.

Арсен Владимирович Доцев, кандидат биологических наук, ведущий научный сотрудник, заведующий лаборатории функциональной и эволюционной геномики животных, Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика  Л.К.  Эрнста,  142132, Московская область, городской округ Подольск, п. Дубровицы, д. 60.

Наталия Анатольевна Зиновьева, доктор биологических наук, профессор, академик РАН, директор, Федеральный исследовательский центр животноводства – ВИЖ имени академика  Л.К.  Эрнста,  142132, Московская область, городской округ Подольск, п. Дубровицы, д. 60.

Статья поступила в редакцию 03.05.2026; одобрена после рецензирования 24.07.2026; принята к публикации 14.09.2026.

Загрузить